أرسل البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية، بطريرك الكرازة المرقسية، رسالة تهنئة إلى شيخ الأزهر الجديد قال فيها: صاحب الفضيلة الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب، شيخ الجامع الأزهر، خالص تحياتى القلبية باختياركم لهذا المنصب الدينى الكبير الذى تأهلتم له لشخصيتكم الفاضلة وعلمكم الوفير ليكن الله معكم فى حمل مسؤولياتكم الجسيمة».
يبدأ الطيب مهامه الجديدة على كرسى شيخ الأزهر، غير القابل للعزل بحسب البروتوكول الرسمى، محملاً بتركة ثقيلة خلّفها الدكتور محمد سيد طنطاوى طوال ١٤ عاماً خاض فيها الراحل العشرات من المعارك الفكرية والسياسية، وينتظر الكثيرون من شيخ الأزهر الجديد، حامل الرقم ٤٨، أن ينجح فى صياغة مفهومه الخاص لدور الإمام الأكبر.
ويتمتع شيخ الأزهر الجديد بعلاقات وثيقة مع الدوائر الرسمية، والحزب الوطنى الديمقراطى، شهدت ذروتها فى نوفمبر ٢٠٠٧ عندما تم اختياره ليكون عضواً بالمكتب السياسى للحزب خلال مؤتمره العام.كما
شغل الطيب فى السابق منصب مفتى الجمهورية لسنة واحدة عام ٢٠٠٢، قبل أن يعينه الرئيس مبارك رئيساً لجامعة الأزهر عام ٢٠٠٣، حيث كان بانتظاره واحد من أكثر أدواره المثيرة للجدل السياسى فى ديسمبر ٢٠٠٦ عندما تفجرت القضية المعروفة باسم «ميليشيات الأزهر» عقب تنظيم طلاب ملثمين من جماعة الإخوان المسلمين عرضاً اعتبره البعض «عسكرياً»، داخل الجامعة، فيما أصرت الجماعة على كونه «استعراضاً رياضياً»، حينها اتخذ الطيب موقفاً حاسماً ضد الطلاب، وانتهت القضية بثمن سياسى باهظ دفعته الجماعة بعد إحالة عدد من أبرز قياداتها إلى المحاكمة العسكرية، على خلفية قضية «الميليشيات».